Instalado no claustrim superior e zonas anexas do Colégio de São Jerónimo, este espaço pretende reunir, conservar e divulgar tudo sobre a história da vida académica, suas tradições e relações com a Universidade e a cidade de Coimbra.

Inaugurado em 1985, este museu é constituído por salas de exposição no rés-do-chão e 1º andar, parque de armas pesadas, oficina de restauro e arrecadação de material.

Museu instalado numa galeria de exposições no Edifício de São Bento, de estilo neoclássico, apresenta uma exposição permanente denominada: "Biologia, Biodiversidade e Evolução no Mundo Vegetal". Neste espaço poderá ver também um número considerável de microscópios e outro equipamento laboratorial antigo, uma coleção de fósseis e vários objetos de artesanato.

Integrado no Museu da Ciência, está instalado num edifício pombalino, neste espaço poderá observar uma vasta coleção de instrumentos científicos e didáticos do século XVIII e do século XIX. Aqui o visitante entra numa viagem de regressão no tempo, sendo que numa das salas de época está recriado o Gabinete de Física Experimental do século XVIII.

Este museu situa-se no Edifício do Chiado, local bastante característico e de interesse histórico, construído em 1910, para os Grandes Armazéns do Chiado e que utiliza os novos materiais de construção da época – ferro, vidro e betão – com apontamentos Arte Nova. O acervo foi doado à Câmara Municipal de Coimbra pelo Doutor Telo de Morais, atual consultor de Arte do Museu. Este espaço apresenta coleções permanentes de pintura portuguesa (séculos XIX e 1ª metade do século XX), mobiliário, cerâmica, escultura, pratas e outros objetos artísticos decorativos. Do museu fazem parte ainda a Torre de Almedina (Núcleo da Cidade …

Espaço dedicado não apenas à exposição de espécies com interesse para o conhecimento da história da ciência e da técnica, mas também à promoção da investigação científica nessa área.

Museu inaugurado em 1913, que teve como acervo inicial as coleções que pertenciam ao Instituto de Coimbra e ao Museu das Pratas. É Museu Nacional desde a década de 60 e o seu nome pretende homenagear o escultor régio nos reinados de D. José, D. Maria I e D. João VI e o mais notável representante da escultura portuguesa do século XVIII. Após obras de remodelação, reabriu ao público em pleno em 2012. As áreas de exposição permanente e de acolhimento aos visitantes concentram-se no edifício requalificado, classificado Monumento Nacional.