Situado no interior do Castelo, onde estão patentes exposições do património arqueológico do concelho de Alcoutim, tendo como fio condutor um percurso histórico que se iniciou há mais de 5.000 anos, percorrendo os períodos Neolítico, Calcolítico, Romano, Visigótico e Islâmico, relevantes na investigação arqueológica efetuada nas últimas décadas em Alcoutim.

Neste museu é possível apreciar o percurso da arte sacra das diversas igrejas do concelho. O espólio é composto, na sua maioria, por fotografias e painéis.

Neste núcleo museológico encontra-se exposta toda a história do rio Guadiana, desde o transporte fluvial do minério até aos vários tipos de pesca artesanal, passando pelas atividades de contrabando que decorreram durante o Estado Novo. Destaque para a exposição de miniaturas de José Murta intitulada "Barcos Tradicionais do Baixo Guadiana".

Neste núcleo poderá admirar uma sala de aula dos anos 50/60, com todos os elementos e materiais utilizados na época, desde as carteiras de madeira aos livros escolares antigos, quadro de lousa e mapas, entre outros.